Molekül modellerinde, atomların yapısını ve bağlarını göstermek için çeşitli renkler kullanılır. Bu renkler, molekülün çeşitli özelliklerini temsil eder ve molekülün yapısını anlamaya yardımcı olur. Örneğin, molekül modellerinde, karbon atomları genellikle beyaz renkte gösterilir, hidrojen atomları ise sarı renktedir. Bununla birlikte, molekül modellerinde kullanılan renkler arasında yaygın olarak kullanılan standart renk kodları yoktur. Bu nedenle, her bir molekül modelinde renklerin anlamını öğrenmek için modele bakılması gerekir. Ancak, genellikle, molekül modellerinde aşağıdaki gibi renkler kullanılır:

• Karbon atomları: Beyaz
• Hidrojen atomları: Sarı
• Oksijen atomları: Kırmızı
• Nitrojen atomları: Mavi
• Fluor atomları: Yeşil
• Clor atomları: Yeşil

Bu renkler, molekül modellerinin çeşitli parçalarını temsil eder ve molekülün yapısını anlamaya yardımcı olur. Bu renkler, genellikle, molekül modellerinin yapısını anlamaya yardımcı olan etiketlerle birlikte kullanılır. Örneğin, hidrojen atomlarının yerleri, genellikle, molekül modellerinde sarı etiketlerle belirtilir. Bu şekilde, molekül modellerinde, atomların yapısını ve bağlarını gösteren renkler ve etiketler birlikte kullanılarak molekülün yapısı anlaşılır.